托里县审计局设5个内设机构。

（一）办公室

承办局机关各项综合协调工作；承办办公室文书、接待、会议、劳动、财务、资产及车辆管理等工作；承办干部职工考勤、工资福利、人事统计工作；承办草拟年度审计工作计划、总结、内部管理制度及综合性文稿；承办审计宣传、信息工作；协助局领导做好信访工作；承办审计管理系统、计算机审计软件和多种数据库的应用；协助分管领导管理各项制度的贯彻执行，监督检查制度的落实情况；负责承办本级预算执行情况审计；承办县属(乡镇)政府及部门预算执行情况审计；承办县级国家建设项目的预概算执行和竣工决算及其资金的来源、使用情况审计；承办上级审计机关授权安排的金融企业的资产、负债、损益情况的审计；承办相关的专项资金审计和审计调查。承办局领导交办的其他工作。

（二）法制督察室

承办各项审计业务的审理、检查工作；承办审计听证工作；承办审计业务会议记录、审计业务档案管理、审计业务统计工作；承办监督检查审计执法情况；承办全局政策法规的学习和业务培训；承办普法教育工作；协助办公室草拟审计业务、内部管理规章制度；协助分管领导管理各项业务制度的贯彻执行。承担审计局行政督察与审计业务督察工作。依法检查审计决定执行情况，督促纠正和处理审计发现的问题。协助配合有关部门查处相关重大案件。协调审计机关移送案件的督促检查。承办局领导交办的其他工作。

（三）经济责任审计室（经济责任审计工作联席会议办公室）

负责承办县属党政部门领导干部和国有企业及国有控股企业法定代表人的任期经济责任审计；负责县经济责任联席会议办公室日常工作；承办局领导交办的其他工作。

（四）文行经贸审计室

负责承办县直行政事业单位、乡(镇)及其所属单位的财务收支审计监督；承办县属国有企业及国有控股企业审计；承办委托的社会团体管理的社会保障和社会捐赠资金的筹集、管理、使用情况审计；承办上级审计机关授权安排的国外援贷款等相关项目审计；承办相关的专项资金审计和审计调查；承办局领导交办的其他工作。

（五）固定资产投资审计室

根据有关法律法规和国务院、自治区人民政府，对县重点建设项目的概算、预算执行和决算进行审计监督，组织对其他建设项目的审计监督；组织对县国有施工企业的审计监督；开展专项审计和审计调查。