托里县畜牧兽医局设2个内设机构。

（一）综合办公室

负责文秘、档案、保密、政务信息、会议组织、计划生育及综合治理工作；负责机关和直属单位的组织、人事、干部考核工作；管理机关国有资产，负责机关财务工作；负责畜牧系统人事、工资报表、财务决算及物资、环保等统计报表的编报工作；负责人大、政协提案、议案的处理工作；协调机关综合事务、精神文明建设工作，办理机关其他事务性工作。

（二）业务办公室

研究拟订畜牧业发展规划、年度计划、畜牧信息及有关措施；协调畜牧业生产、经营和市场等方面工作；指导畜牧业结构和布局调整，组织标准化生产和规模饲养。负责贯彻执行动物卫生方面的法律、法规、方针政策、规划和计划；负责拟定重大动物疫病控制和扑灭计划；监督和管理动物防疫、检疫工作。拟定县发展草业的政策和草原保护建设总体规划及年度计划并组织实施；负责草原信息、畜牧业抗灾、减灾工作和防灾建设；承担牧民定居建设的相关工作；负责草原生态奖补机制的相关工作；负责对县国有牧场的业务指导、服务，会同有关部门负责畜牧系统有关产品质量监督、计量、专利和标准化等方面的管理工作。